A qualidade é um objetivo institucional inerente à missão do IIHSCJ, cuja concretização constitui um compromisso dos estabelecimentos de saúde, dos profissionais e das equipas.

Este compromisso expressa-se na prestação de cuidados globais de saúde, numa dinâmica de melhoria contínua, aos vários níveis de intervenção – prevenção, diagnóstico, tratamento, reabilitação e reintegração, de modo a identificar e satisfazer as necessidades e expetativas das pessoas assistidas e demais partes interessadas – familiares, profissionais, voluntários,
entidades parceiras e financiadoras, segundo o princípio de "Fazer o bem, bem feito". Este compromisso expressa-se: na atenção à pessoa na sua integridade, a sua reinserção na sociedade e a defesa da sua própria dignidade, que se constituem premissas irrenunciáveis e base do modelo hospitaleiro (CII, 63). Implica uma orientação efetiva para as necessidades das pessoas assistidas e suas famílias e significativos, procurando dar resposta aos pedidos e sugestões relativamente aos problemas atuais e futuros (CII, 72);

• no serviço hospitaleiro, configurado a partir de práticas inclusivas, integradoras e promotoras de vida, que denuncia todas as formas de exclusão e marginalização presentes nos vários contextos e anuncia a igualdade fundamental de todo o ser humano, apelando ao respeito que lhe são devidos. (CII, 40). A ação hospitaleira contribui para uma ação variada, ao nível social, legislativo, administrativo e cultural, destinada a promover e a despertar as forças que constituem e promovem a justiça (CII, 42);
• no cumprimento dos requisitos legais e regulamentares aplicáveis salvaguardando sempre o respeito pelos direitos humanos e sociais (CII,70);
• na promoção da motivação e qualidade do desempenho dos profissionais através do contínuo desenvolvimento das suas competências;
• no desenvolvimento de projetos partilhados e redes de relações com outras instituições, tendo em vista um melhor aproveitamento de oportunidades e recursos (CII, 72), estabelecendo uma cultura inovadora, baseada na atitude proativa e conjunta entre os profissionais das diferentes áreas e na incorporação de novos conhecimentos (CII, 72) e promovendo a incorporação progressiva de novos elementos tecnológicos que implicam a otimização da qualidade dos serviços (CII, 71);
• na promoção da sustentabilidade através de uma racional e eficaz gestão de recursos;
• no planeamento, monitorização, avaliação e comparação de resultados numa lógica de melhoria contínua, promovendo uma análise e revisão sistemática da prestação de cuidados e integrando uma perspetiva abrangente e participada pelas pessoas assistidas e demais partes interessadas;
• no compromisso ativo e voluntário da instituição que vai para além das disposições legais existentes e que baseia a sua atividade e gestão em valores éticos que promovem o compromisso social, colaborando na melhorar dos âmbitos económico, social e ambiental ao seu redor (CII, 80). 

integral e em constante renovação, desenvolvendo respostas inovadoras perante os desafios e necessidades das pessoas assistidas e demais partes interessadas.